Historia moderna

Arjonilla se independiza respecto a Arjona, el 21 de marzo de 1553, gracias al que fuese rey de España Carlos I quien le conceden el título de Villa. 

En el 1554 se construye la actual Iglesia Parroquial bajo la advocación de la Encarnación empezando a construirla en el 1504.

A principios del siglo XVII Arjonilla cuenta con ocho ermitas. Se construye la Casa del Concejo, la Cárcel Real y la Casa Carnicería.

En 1602, se nombra Patrón y abogado a San Roque por librar a esta villa de la peste que azotaba a Andalucía y otras partes de España. Como agradecimiento a su beneficiosa intervención, el pueblo le consagró un voto de abstinencia de carne y ayuno en la festividad del santo, aprobado por las autoridades eclesiásticas. Este voto fue renovado en los años 1654, 1834, 1952 y 2002, esta última con motivo de la celebración de su IV Centenario.

El continuo aumento de la población que experimenta la villa, parece corresponder con un descenso de la misma en la localidad de Arjona. 

Los siglos XVI y XVII verán la fundación de diversas obras piadosas:

- En 1580 fue fundado el Pósito pío que tenía como finalidad facilitar el sustento de pan para todos los vecinos del pueblo. Para ello, en épocas de escasez realizaba el panadeo, que consistía en prestar trigo a los panaderos para que fabricasen pan para ser vendido a los vecinos. Esta institución tuvo que dejar de existir en algún momento ya que el 22 de marzo de 1736 fue fundado el Pósito monte de piedad de Arjonilla por el matrimonio formado por D. Martín de Carmona Valenzuela y Dña. Inés de Ortega Serrano. A través del mismo, se garantizaba el panadeo en momentos de escasez de pan para el sustento de los vecinos, así como el préstamo de trigo para los agricultores y a veces dinero. La labor de esta institución fue muy importante y gracias a ella muchas personas pudieron supervivir.

- El Hospital de Santiago que, aunque Madoz fecha su fundación en 1641, aparece ya nombrado en documentos del siglo XVI y en él se albergaban tanto a enfermos del lugar como a transeúntes. Se encontraba situado en los terrenos aledaños de la actual ermita de la Virgen de la Cabeza, antes de Santiago.

- La Obra Pía de doña Mayor Serrano, fundada en 1631 para viudas pobres.

- El convento de Santa Rosa de Viterbo de la orden de San Francisco de Asís, fundado en 1680 por don Luis Díaz de Aguilera y que será destruido a mediados del siglo XIX, como consecuencia de la Desamortización de Mendizábal.